实验室自立项目完成了东星斑基因组精细图谱绘制
日期:2020-08-20 15:34:07  发布人:admin  浏览量:997 打印本文


 湛江湾实验室朱春华教授团队中国水产科学研究院黄海水产研究所陈松林研究员团队、中山大学林浩然院士团队联合完成了东星斑(豹纹鳃棘鲈)的染色体水平基因组精细图谱绘制,相关研究成果于610日在国际重要学术刊物《分子生态资源》(Molecular Ecology Resources)在线发表。

 东星斑,学名豹纹鳃棘鲈,因颜色鲜艳,味道鲜美,深受市场欢迎,经济价值极高,近年来其养殖规模持续扩大。研究人员采用二代测序、PacBio单分子测序和Hi-C三维基因组技术,组装了染色体水平的东星斑基因组序列,其中含有24条染色体,全长881.5Mb,含有25248个蛋白编码基因。比较基因组学分析揭示了东星斑中126个基因家族显著扩张,并富集于免疫相关通路。同时,对54个具有不同体色表型的东星斑个体开展了基因组重测序,获得了518万个单核苷酸多态性位点(SNP),绘制了东星斑基因组变异(SNP)图谱。

 东星斑基因组精细图谱绘制和基因组变异信息鉴定,为东星斑生长、体色等重要经济性状的分子机制解析奠定了基础;同时也为东星斑良种选育提供了重要的基因资源,有助于推动东星斑养殖产业的可持续发展。

 黄海水产研究所周茜副研究员和青岛华大基因研究院郭欣雨为该论文共同第一作者,实验室朱春华教授黄海水产研究所陈松林研究员中山大学林浩然院士为该论文的共同通讯作者。该研究获得了南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江)资助项目、海洋科学与技术试点国家实验室(青岛)海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室渔业科技青年人才培养计划、鳌山人才培养计划和水科院创新团队等项目的资助。

 

全文链接:De novo sequencing and chromosomal-scale genome assembly of leopard coral grouper, Plectropomus leopardus”. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13207

 

东星斑(1龄)

 

东星斑基因组组装和比较基因组学分析

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